U-22 Việt Nam

Tháng 6 năm 2012, anh cùng với một cầu thủ Việt kiều khác là tiền vệ Nguyễn Thanh Giang được huấn luyện viên Mai Đức Chung phát hiện trong những ngày tập huấn tại châu Âu. Với tư cách một thành viên của Hội đồng huấn luyện viên Quốc gia, ông đã giới thiệu 2 cầu thủ Việt kiều trẻ tuổi này với VFF và 2 người đã được gọi vào đội tuyển U-22 Việt Nam chuẩn bị cho vòng loại giải vô địch U-22 châu Á tại Myanmar.[7] Trước thềm giải đấu, Hồng Quân đã có 2 trận giao hữu tại Thái Lan và ghi được 1 bàn trong trận giao hữu gặp U-22 Maldives.[8] Tại giải đấu chính thức, mặc dù U-22 Việt Nam thất bại nhưng Hồng Quân vẫn có 3 pha lập công và là cầu thủ ghi nhiều bàn nhất đội.[9]

U-23 Việt Nam

Ngày 6 tháng 6 năm 2013, anh có trận đấu đầu tiên cho đội tuyển U-23 Việt Nam gặp câu lạc bộ Kashima Antlers trên sân vận động Mỹ Đình. Tuy nhiên, trước hàng thủ đội bóng đến từ Nhật Bản, anh không thể hiện được nhiều và bị thay ra ở phút 66.[10] Năm ngày sau, anh cùng các đồng đội có trận thắng 2–0 trước U-23 Myanmar trên sân Thống Nhất.[11]

Ngày 15 tháng 9 năm 2014, Hồng Quân góp mặt trong đội hình xuất phát ở trận ra quân của Olympic Việt Nam tại vòng bảng ASIAD 17. Phút 24, anh chuyền bóng bên cánh phải tạo điều kiện để Võ Huy Toàn ghi bàn mở tỷ số bất ngờ cho Olympic Việt Nam. Chỉ 6 phút sau, đích thân Mạc Hồng Quân có pha xử lý solo kỹ thuật trước hàng thủ đội bạn và dứt điểm quyết đoán nâng tỷ số lên 2–0. Trận đấu kết thúc với thắng lợi bất ngờ 4–1 cho thầy trò HLV Miura trước đội tuyển Olympic Iran.[12]

Việt Nam

Ngày 16 tháng 1 năm 2013, Hồng Quân có tên trong danh sách tập trung của đội tuyển quốc gia chuẩn bị cho vòng loại Asian Cup 2015.[13] Anh ra mắt đội tuyển quốc ra trong trận đấu với đội tuyển UAE tại vòng loại cúp bóng đá châu Á 2015.[14] Anh có bàn thắng đầu tiên cho đội tuyển quốc gia khi gỡ hoà 1–1 trong trận thắng 3–1 trước Malaysia.